15 лет назад на Землю обрушилась ужасная катастрофа, которая унесла жизни многих людей. Вместе с катаклизмом на планету стали нападать Ангелы, чужеродные боевые машины, наделённые огромной силой и способные уничтожить целые города. Чтобы дать отпор незваным гостям, тайная организация NERV создаёт Евангелионы, боевые машины из органического материала, управлять которыми могут лишь несколько избранных подростков, рождённые спустя 9 месяцев после первого вторжения Ангелов. Один из таких ребят - Сидзи Икари, сын главы организации NERV. После смерти матери мальчик надеялся, что теперь, когда отец пригласил его в Токио, они, наконец, сблизятся, найдут общий язык и станут настоящей семьёй, но вместо этого он попадет на настоящую войну. Сможет ли он вместе со своими друзьями, молчаливой Рэй Аянами и дерзкой Аской Сорью-Лэнгли, защитить планету от Ангелов, которые с каждым разом становятся всё сильнее, приближая час Апокалипсиса?