0097 год Вселенского Века. Человечество беспроблемно колонизирует космос. Действие происходит спустя год после крупного военного конфликта, грозившего обернуться глобальной катастрофой. На орбите Земли обнаруживается высокотехнологическая военная машина. Её появление может полностью изменить судьбу Вселенной.

Действе фильма происходит в 2071 году. В ходе террористический бомбардировки был высвобожден смертельный вирус, который погубил многих. Правительство назначило неимоверное вознаграждение тому, кто сможет поймать виновника. Команда охотников за головами космического корабля «Бибоп» берутся за это расследование, в надежде найти преступника и отдать его в руки правосудия. Но не только они ведут эту охоту.