Фильм рассказывает о первом в Америке политике - Харви Милке, который открыто признался в своих гомосексуальных наклонностях. После избрания в городское правление, он ратовал за права геев и лесбиянок.

Дэвид снял квартиру в Сан-Франциско. Вдруг к нему заявляется очаровательная девушка и заявляет, что она - хозяйка квартиры. Однако через некоторое время она исчезает также внезапно, как и появляется. Вскоре Дэвид окончательно удостоверяется, что его таинственная гостья - приведение, которое таковым себя не считает. Но пообщавшись Дэвид и Элизабет понимают, что она не умерла окончательно, а также что любовь может соединять людей даже из разных миров.

Доверять нельзя никому, даже собственным людям. В этом Америка убедилась, когда внутри Белого дома произошёл мятеж, организованный высокопоставленными чиновниками. Мало того, что президент был взят в заложники, так ещё и Агентство национальной безопасности было разгромлено. Однако выживший агент Гиббонс сдаваться не собирается. На борьбу с бунтовщиками он отправляет своего лучшего агента - Дариуса Стоуна.

Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Доктор Брюс Бэннер - учёный, который работает над изобретением новейшей бомбы. Однажды из-за ошибки он подвергается воздействию гамма-лучей. После этого с Брюсом начинают происходит невероятные вещи, а точнее он превращается в огромного зелёного монстра по имени Халк. Зверь вырывает на волю, когда учёный начинается испытывать гнев. Вскоре ему приходится пуститься в бега, так как о Халке становится известно правительству.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...