Люди в чёрном работают на неофициальное правительственное агентство, регулирующее деятельность инопланетян на Земле. Они - самый большой секрет правительства и лучшая защита людей от отбросов Вселенной. Они появляются незаметно и не оставляют следов.

Неизвестный смертельный вирус уничтожил пять миллиардов человек в 1996 году. Только 1% процент населения планеты остался жить под землёй. В 2035 году осуждённый Джеймс Коул отправляется в прошлое, чтобы выяснить причину возникновения вируса и найти вакцину прежде, чем он начнёт мутировать.