Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Ангелы живут рядом с нами. Каждый день они незримой тенью следуют с людьми, помогая, выслушивая и направляя их. Однако они не могут чувствовать, только наблюдать, в противном случае они теряют свои крылья. Сет - ангел, влюбившийся в земную женщину. Готов ли он потерять всё ради неё?

Они напарники и друзья, хотя очень разные люди. Риггз - сорвиголова, чьё вьетнамское прошлое перешло в сумасшедшее настоящее, а в полиции он вообще получил кличку «смертельное оружие». Мертаф же напротив семейный человек, честно работающий на благо граждан и собственных детей.