Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Крис Бернетт - молодой лейтенант ВВС США, который жаждет участвовать в настоящих боевых действиях. Однако адмирал считает, что он не готов. Однажды во время разведывательной миссии Крис сфотографировал то, что было искусно скрыто от чужих глаз, в ту же минуту его самолёт сбивают. Теперь Бернетт оказывается в смертельной опасности один на один с врагом. Тем временем адмирал, нарушая все известные правила, организовывает спасательную операцию.

Томас Андерсон всегда жил двойной жизнью. Днём он был обычным программистом, а по ночам - известным хакером Нео. Нео всегда задавался вопросом: что реально в этом мире, однако истину он даже представить себе не мог. Однажды он знакомится с Морфиусом - великим хакером и террористом в глазах правительства. Морфиус рассказывает Нео, что всё, что он знал в жизни - это лишь иллюзия, а мир - это искусственно созданная Матрица, и показывает ему настоящую реальность.