Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Республика погружена в хаос противоречий и междоусобных стычек. Силы сепаратистов растут с каждым днём и грозят совсем уничтожить республику. Именно поэтому верховный канцлер Палпатин добивается консолидации власти в республике в своих руках и начинает создавать республиканскую армию, чтобы помочь силам джедаев справиться с сепаратистами. В это же время юный, но уже повзрослевший джедай Энакин Скайуокер возвращается к королеве Амедале.

1899 год, Париж, ночной клуб Мулен Руж. Это место, где всегда праздник, где можно развлечься всеми известными способами, здесь можно почувствовать себя полностью свободным, полным любви и окружённым красотой, и всё это за определённому плату наличными. Главное украшение Мулен Ружа - это великолепная куртизанка Сатин,в неё влюблены все. Однако в её жизни неожиданно появляются двое мужчин, способных изменить её жизнь. Герцог готов купить Мулен Руж и сделать Сатин настоящей актрисой, только бы она принадлежала ему. Кристиан - бедный писатель, которую кроме своего сердца предложить нечего, но возможно именно любви не хватает в жизни красавицы.

Томас Андерсон всегда жил двойной жизнью. Днём он был обычным программистом, а по ночам - известным хакером Нео. Нео всегда задавался вопросом: что реально в этом мире, однако истину он даже представить себе не мог. Однажды он знакомится с Морфиусом - великим хакером и террористом в глазах правительства. Морфиус рассказывает Нео, что всё, что он знал в жизни - это лишь иллюзия, а мир - это искусственно созданная Матрица, и показывает ему настоящую реальность.

С некоторых пор охотник на крокодилов Данди живёт в нью-йоркском пентхаусе, спит на шелковых простынях и пьёт кофе из японского фарфора. Однако когда его любимую похищает колумбийская мафия, он вновь облачается в кожаные штаны и шляпу с крокодильими зубами.

В глубине Австралии живёт знаменитый охотник на крокодилов Данди. Однажды он встречает американскую журналистку и показывает ей местные достопримечательности. В ответ она приглашает его в Нью-Йорк. В мегаполисе Данди попадает в неизвестные каменные джунгли.

Эдвард Даглас стал единственным выжившим в страшной авиакатастрофе в Тихом океане. Его спаситель доктор Монгомери доставляет его на необычных остров. Вскоре Даглас узнаёт, что это остров доктора Моро, где он проводит эксперименты с животными, стараясь с помощью генетики превратить их в людей. Остров населяют жуткие человекоподобные существа, которые управляются с помощью болевых датчиков.