Тёмная сторона Луны скрывает множество секретов, способных уничтожить нашу планету. Пока земляне переживают драмы: Сэм потерял Микаэлу, правительство выпускает законодательный акт о выселении Автоботов с Земли, десептиконы готовятся нанести решающий удар.

Спустя два года после битвы автоботов и десептиконов на Земле, Сэм закончил школу и собирается переехать в колледж. Он пытается вернуться к нормальному существованию и минимизировать инопланетное вторжение в свою жизнь, что весьма сложно сделать, если твой лучший друг - автобот Бамблби. Однако десептиконы не были окончательно повержены, и теперь их главная цель - месть.

Выбирая свою первую машину, Сэм даже подумать не мог, что она окажется не просто средством передвижения, а вполне самостоятельным роботом! Молодой человек выясняет, что Земля стала очередным местом сражения роботов-инопланетян - автоботов и десептиконов. И что самое главное, история семьи Сэма непосредственно связана с этим противостоянием и хранит ключ к неограниченной власти трансформеров.

Шаткое положение мутантов в общества становится еще более отчаянным, когда неизвестный мутант пытается убить Президента США. Ответом на это покушение становится закон об обязательной регистрации мутантов. Автором этого закона становится бывший военный, который тайно проводил и проводит опыты над мутантами.

Они - новое звено в цепи эволюции. Каждый из них рождён с уникальной генетической мутацией, которая проявляется в их необычных способностях. Однако обычные люди боятся их, считая ошибкой природы и опасностью для всего человечества. Несмотря на гонения, скрывая свою истинную сущность, тысячи мутантов живут среди людей...