Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Крис и Энни Нилсены потеряли детей в автокатастрофе. Однако ещё не оправившаяся от горя, Энни вскоре в другой катастрофе теряет Криса и остаётся одна. Сам Крис после смерти попадает в райское место, где всё создаёт его воображение. Иногда он возвращается на землю и пытается успокоить Энни, однако это ни к чему не приводит, и Энни кончает жизнь самоубийством. Она проклята и попадает в ад. Узнав об этом, Крис пытается всеми силами найти и спасти любимую, однако никому за всю историю ещё не удавалось спасти грешную душу. Сможет ли это сделать любовь?