0097 год Вселенского Века. Человечество беспроблемно колонизирует космос. Действие происходит спустя год после крупного военного конфликта, грозившего обернуться глобальной катастрофой. На орбите Земли обнаруживается высокотехнологическая военная машина. Её появление может полностью изменить судьбу Вселенной.

Бан Мидо и Джинджи Амано, два несовершеннолетних правонарушителя из Токио, широко известны в узких кругах за весьма специфические услуги, которые они оказывают – возврат утерянного. Парни обладают сверхъестественными способностями, Джинджи может генерировать телом тысячи вольт подобно электрическому угрю, а Бан наделён возможностью вытягивать из людей воспоминания о прошлом. Проблема заключается в одном – парням никогда не удаётся получить плату за выполненную работу.

Такао Акидзуки мечтает стать дизайнером обуви. Прогуливая школу, в один из дождливых дней он укрывается в беседке, где встречает молодую привлекательную женщину. Каждый раз они случайно сталкиваются в одном и том же месте – в беседке во время дождя. Герои понемногу начинают общаться, не зная ни имени друг друга, ни возраста, они просто наслаждаются общением, ожидая окончания ливня, после которого каждый из них пойдёт по своим делам.

2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Действие анимационного фильма происходит в будущем. На Землю обрушивается катастрофа в виде монстров. Но человечество не намерено просто так сдаваться. Были изобретены специальные высокотехнологичные роботы Франксы, которыми должны управлять два пилота: девочка и мальчик. Главный герой Хиро, кодовое имя «016», рос, как и все дети, только с одной целью: стать пилотом и вступить в бой с монстрами. Он всегда считался одарённым учеником, но неожиданно он вместе со своей напарницей проваливает последний экзамен. Если Хиро не может управлять Франксом, то его жизнь окончена, жить больше незачем. Но снова к жизни его возвращает странная девушка по имени Зэро Ту, по прозвищу «убийца напарников», которую опасаются остальные пилоты по понятным причинам. И первое, что она говорит Хиро при встрече: «Я нашла тебя, мой милый».