Фильм рассказывает о первом в Америке политике - Харви Милке, который открыто признался в своих гомосексуальных наклонностях. После избрания в городское правление, он ратовал за права геев и лесбиянок.

Действие происходит в 30-х годах в Японии. Десятилетнюю девочку Чиё из бедной семьи отправляют на обучение в дом Гейш, где она вынуждена притерпевать издевательства со стороны владелицы дома. Со временем Чиё становится одной из самых знаменитых гейш, и встречает человека, в которого искренне влюбляется. Но, возможно ли мечтать о настоящей любви, когда сам себе не принадлежишь?

Дэвид снял квартиру в Сан-Франциско. Вдруг к нему заявляется очаровательная девушка и заявляет, что она - хозяйка квартиры. Однако через некоторое время она исчезает также внезапно, как и появляется. Вскоре Дэвид окончательно удостоверяется, что его таинственная гостья - приведение, которое таковым себя не считает. Но пообщавшись Дэвид и Элизабет понимают, что она не умерла окончательно, а также что любовь может соединять людей даже из разных миров.

Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...