Высокотехнологичное международное военное подразделение, известное как G.I. Joe, скрывает свою штаб-квартиру в Египте. Им приходится противостоять оружейному барону - руководителю крупной корпорации.

1957 год. Профессор Джонс теряет свою давнюю возлюбленную - Мэрион Рэйвенвуд. Оказывается ее похитили советские агенты, под предводительством Ирины Спалько. Чтобы вернуть Мэрион, Джонсу придётся помочь советской разведке в поисках Хрустального черепа.