Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сооскэ, и они привязываются друг к другу. Теперь у Поньо только одно желание — стать человеком!

Аими со своим отцом переезжают в старый многоквартирный дом, и вскоре узнают, что там творятся странные вещи. В этом доме все соблюдают необычные правила: Во-первых, все жильцы ни в коем случае после полуночи не должны выходить за пределы территории дома, обозначенной веревкой. Во-вторых, никто не может съехать из дома, пока не въедет новый жилец. Те, кто нарушают эти правила, погибают загадочной смертью.