Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Инспекторы Картер и Ли отправляются в Гонконг, чтобы схватить преступников, собирающихся украсть китайские сокровища и продать их в США. Однако дело оказалось запутаннее, чем напарники думали в начале. В итоге они ввязываются в безумную гонку из Гонконга в Лос-Анджелес, а затем прямиком в Лас-Вегас. Но чтобы поймать преступников, полицейским придётся проявить всю свою хитрость и сноровку.