Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сооскэ, и они привязываются друг к другу. Теперь у Поньо только одно желание — стать человеком!

Сюжет повествует о девушке, которая попала в параллельный мир, похожий на феодальный Китай, чтобы стать правительницей одного из Двенадцати Королевств.