Тёмная сторона Луны скрывает множество секретов, способных уничтожить нашу планету. Пока земляне переживают драмы: Сэм потерял Микаэлу, правительство выпускает законодательный акт о выселении Автоботов с Земли, десептиконы готовятся нанести решающий удар.

Спустя два года после битвы автоботов и десептиконов на Земле, Сэм закончил школу и собирается переехать в колледж. Он пытается вернуться к нормальному существованию и минимизировать инопланетное вторжение в свою жизнь, что весьма сложно сделать, если твой лучший друг - автобот Бамблби. Однако десептиконы не были окончательно повержены, и теперь их главная цель - месть.