Много лет назад Святой Грааль был утерян. Но вот однажды семейство Иггдмилления заявляет, что древний артефакт находится у них, тем самым пошатнув хрупкое равновесие мира. Многие направляются в Румынию, где на данный момент проживают владельцы Грааля, чтобы завладеть им, так как считают, что артефакт должен храниться у самых достойных из достойнейших.

После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Вырос 16-летний парень добрым, работящим и хозяйственным, потому был окружен заботой и вниманием сразу двух девушек — младшей школьной подруги Сакуры Мато и учительницы Тайги Фудзимуры, формально — опекуна, на деле — скорее старшей сестры. Все рухнуло, когда Сиро узнал, что родной город Фуюки — арена магической битвы за Святой Грааль, которая повторяется раз в несколько поколений. Вот только мир ускоряется, в итоге с последней войны прошло всего 10 лет — и уже пришла пора новой.Согласно древним законам, «королевскую битву» ведут семь Мастеров-магов, каждый из которых вызывает Слугу — одного из вечных героев ушедших или будущих эпох. Последний оставшийся Мастер получает Грааль — величайшее сокровище, которое выполняет любое желание. Правил нет, цель оправдывает средства, вчерашний друг может оказаться соперником и без раздумий предать, ударить в спину. Узнав правду, Сиро становится перед тяжким выбором — уйти, отказаться от борьбы или рискнуть и поставить на карту все — невеликий (так он думает) магический дар, горячее сердце, отчаянное желание спасти всех, кто ему дорог. Но последней каплей на чаше весов чести и мужества станут зеленые глаза из далекого прошлого, засиявшие той самой ночью…

Сбежав от опасных монстров, возглавляемых Годзиллой, на другую планету, люди обнаруживают, что их новый дом не пригоден для жизни. Появляется группа, которая хочет вернуться на Землю, чтобы дать бой чудовищам, и они решают повернуть назад. Однако из-за ошибки в системе навигации корабль выходит из гиперпространства около родной планеты спустя 20 000 лет после побега. На Земле полностью уничтожены следы пребывания человечества, а во главе пищевой цепочки находится Годзилла.