Из Общества душ украдена «Королевская печать», на поиски которой отправляется капитан Тосиро Хицугая, но после сражения с ворами пропадает, поэтому в Обществе душ объявляют его предателем и приговаривают к смертной казни. Ичиго Куросаки, Рукия Кучики, лейтенант Рангику Мацумото и Рэндзи Абарай не верят, что Тосиро способен совершить такое преступление. Они хотят очистить его имя от подозрений.

Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники 9-го отдела начинают охоту на танк, который самовольно покинул военный полигон, а также проводят расследование серию загадочных самоубийств андроидов старых моделей. После смерти друга Тогусы агенты нападают на след таинственного хакера, известного под именем Смеющийся Человек.

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.

2045-й год. После глобального краха экономики началось стремительное развитие искусственного интеллекта, после которого человечество вступает в фазу войны. Бывшие сотрудники 9-го отдела вынуждены противостоять этому постчеловеку, который превосходит киборгов по всем параметрам.