Дженни приезжает в город, где знакомится с Линни. Девушек объединяет любовь к танцам вообще и к «Танцам на TV» в частности. И когда объявляется конкурс на лучшую танцевальную пару, то девочки решают принять участие в нем. Но есть одна проблема — отец Дженни никак не одобряет такой выбор дочери.

Эйприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старинный японский скипетр, и ещё всяких других подарков для своих друзей черепашек. Как выяснилось, этот скипетр — не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но он работает только в том случае, когда вес путешественников во времени одинаков с обоих сторон. Так случилось, что скипетр перенес Эйприл в феодальную Японию, в 1603-й год. Следом за ней отправились и черепашки, но вот беда, вместо того, чтобы попасть в храм, где по идее должен был находится скипетр, они оказываются посреди поля сражения. Во всей этой неразберихе теряется Микеланджело со скипетром. И теперь черепашкам нужно не только спасти Эйприл, но и вернуть скипетр. В нашем времени в этот момент тоже совсем не скучно.

Трое героев из первого фильма пытаются спасти от разрушения общественный центр досуга, на месте которого хотят построить современный торговый центр.