Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Либби была заключена в тюрьму по обвинению в убийстве собственного мужа. На самом деле муж просто избавился от неё, инициировав собственную смерть. После выхода из тюрьмы Либби готова на всё, чтобы отомстить мужу и вернуть себе сына. Однако она должна быть осторожной, потому что за ней постоянно следит офицер по надзору за выпущенными преступниками.

Корабль «Энтерпрайз» обнаруживают необычный прототип андроида, созданного доктором Сунгом. Однако времени на его изучение у экипажа нет, так как их срочно вызывают на Ромул. Здесь в результате государственного переворота к власти пришёл страшный лидер, у которого есть оружие, способное уничтожить всё живое на планете Земля - главной планете Федерации.