Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…

21-й век стал последним в жизни многих крупнейших городов мира. Добрый десяток всяческих гигантских монстров на куски разнес Париж и Сидней, Нью-Йорк и Шанхай.Организация Объединенных Наций срочно собирается для обсуждения главного вопроса: как уцелеть в этой жуткой схватке с чудовищами… И тут совершенно неожиданно к Земле приближается огромный летающий объект, представители которого сообщают, что нашей планете осталось существовать вполне определенный и очень короткий срок.Потому что из глубин космоса к Земле летит комета, после столкновения с которой наступит натуральный конец света… А между тем во льдах Антарктиды спит мирным сном Годзилла…