Фильм рассказывает о средневековом восстании в японской провинции Чичибу. Тогда около 3000 крестьян, вооружённые бамбуковыми копьями и мечами восстали против экономического произвола Императора.

Гражданская война, названная Реставрацией Мэйдзи, окончилась. В Японии полным ходом идут реформы по западному образцу. Нет больше сёгуната, созданы парламент и правительство, самураи примеряют европейские костюмы, крестьяне получают фамилии, расцветают торговля и предпринимательство. Вот только почему герой тайной войны времен Бакумацу неузнанным бродит по стране в обличии добродушного простака, помогая всем, кто в беде, и ничего не прося взамен? Так Химура Кэнсин, великий мастер меча и бывший убийца поневоле, пытается искупить грехи прошлого и найти мир в израненной душе.Краткая передышка застает Кэнсина в Токио — бывшем Эдо, где он спасает Каору Камия, молодую хозяйку семейного додзё. Постепенно в додзё Камия собирается теплая компания бродяг и неудачников — Каору, Кэнсин, наемный боец Саносукэ и сирота Яхико. Вот только спокойная жизнь, наполненная веселыми похождениями и шутливыми перепалками, продлилась недолго. Ведь прошлое никуда не ушло, и слишком многие считают, что кровь можно смыть только куда большей кровью…

Фильм рассказывает о злоключениях Тсубе, карикатуриста, видевшего лучшие дни. Работы, выполненные мужчиной, приносят мало дохода, поэтому он находится в финансовой зависимости от подруги Кунико, в доме которой живёт. Девушка относится к герою настолько неуважительно, что по ночам приводит бывших бойфрендов. В отчаянии, Тсубе решает убить себя, приняв упаковку таблеток. Он приходит в себя в больнице, и не понимая, где реальность, а где галлюцинация, отправляется в странное путешествие.

Люди из всех слоёв общества: студент, бизнесмен среднего возраста, главный якудза и многие другие, все получили таинственные сообщения от родных и близких, погибших три месяца назад во время кораблекрушения. Во всех письмах содержится указание прибыть на маленький остров во Внутреннем Японском море в один и тот же день. В полночь, когда утонувший корабль поднимается из воды, у людей появляется возможность сказать последние слова потерянным близким, после чего умершие должны снова сесть на корабль и исчезнуть в глубинах.

Во время Гражданской войны Химура Кеншин, добровольно поступив на службу, стал тайным палачом, убивая самых влиятельных лидеров оппозиции. Но время битвы окончилось, и он, решив, что больше не возьмёт в руки катану отправляется путешествовать по стране, чтобы помогать слабым и беззащитным, так как их по-прежнему притесняют. В Токио Кеншин помогает девушке Каору, которая преподаёт кендо, спасти своё додзё от бандитов. Раскрыв преступникам свою настоящую личность, он заставляет удариться их главаря в бега. Решив, что на этом его дело закончено, герой решает продолжить свой путь, но Каору предлагает ему остаться и помочь восстановить разрушенное после битвы додзё. Но недолго Кеншин наслаждается спокойной жизнью, ведь прошлое следует за ним по пятам…