После долгих лет в разлуке Сэм Флинн получил послание от своего пропавшего отца. Выясняя откуда оно могло прийти, Сэм неожиданно попадает в тот же виртуальный мир, где 20 лет томится его отец. Теперь ему необходимо выжить, чтобы найти выход в реальность.

Главную героиню по имени Никита берут под стражу за убийство, которого она не совершала, и осуждают на пожизненный срок. Вскоре после этого её вербует секретная организация, которая ведёт борьбу против терроризма. Так им образом обычная девушка становится оперативным сотрудником государственной организации, приказы которой она должна выполнять беспрекословно. За неповиновение ей грозит смерть. На протяжении всей истории она разрывается между своими моральными принципами и своей нынешней работой.