Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Доктор Брюс Бэннер - учёный, который работает над изобретением новейшей бомбы. Однажды из-за ошибки он подвергается воздействию гамма-лучей. После этого с Брюсом начинают происходит невероятные вещи, а точнее он превращается в огромного зелёного монстра по имени Халк. Зверь вырывает на волю, когда учёный начинается испытывать гнев. Вскоре ему приходится пуститься в бега, так как о Халке становится известно правительству.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Однажды в Нью-Йорке Джонатан знакомится с очаровательной девушкой Сарой, он оставляет свой телефон на купюре, а она в книге. Контакты случайным образом теряются, но и он, и она не могут забыть случайной встречи, и продолжают верить, что судьба снова предоставит им шанс...

Нельсон – человек полностью погружённый своей работой в рекламном агентстве в Сан-Франциско. Он влюбляется в Сару, девушку, которая, чтобы избежать глубоких чувств, заводит отношения лишь на месяц. Но в этот раз всё изменится для обоих…