Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Через много лет после исчезновения пассажирского лайнера, его случайно обнаруживает команда спасателей в Беринговом море. При попытке отбуксировать лайнер, начинают происходить странные события. Исследователи приходят к выводу, что следует исследовать корабль изнутри, но зайдя внутрь, они оказываются в ловушке во власти демонических существ…

Гэбриэл Шир - гениальный преступник, который вознамерился украсть 9 миллиардов долларов у правительства. Однако ему необходима помощь лучшего хакера Стэнли Джобсона, который уже отсидел срок за взлом ФБР. В результате Стэнли вышел на свободу без денег, работы и без права быть отцом своей дочери. Гэбриэл обещает ему опекунство и шанс на новую жизнь взамен на его услуги. Спустя некоторое время Стэнли начинает понимать, что его просто используют и легко пожертвуют им, если того будет требовать ситуация.