Помощник окружного прокурора Александра Кэбот возвращается в Нью-Йорк после участия в программе защиты свидетелей, так как её преследователи больше не угрожают её жизни. Она занимает пост главы бюро расследований, где руководит группой молодых специалистов.

Спустя 10 лет после того, как маска Локи меняет жизнь обычного банковского клерка, она попадает к карикатуристу Тиму Эвери. Однако для своих проделок она выбирает не самого Тима, а его новорождённого сына. Мальчик вместе с собакой превращают дом в полнейший хаос. Однако настоящие проблемы начинаются тогда, когда сам бог Локи приходит, чтобы отыскать свою маску.

Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.