Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого (13 сентября 2000 года) при таинственных обстоятельствах произошла ужасная катастрофа — всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества, большая часть суши оказалась под водой.Секретная организация «NERV», действующая под эгидой ООН, создает Токио-3 — огромную военную базу. Задача Токио-3 — защита человечества от начавших появляться на Земле таинственных гигантских Ангелов или Посланников. Единственное оружие, могущее им противостоять — пилотируемые биороботы серии «Евангелион». Однако управлять «Евами» могут только подростки, зачатые после Второго Удара.Первым боевым пилотом «Евы» становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя «NERV» Икари Гэндо, — замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники «NERV», от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта — наступление окончательного Конца Света…

В конце II Мировой войны, через мгновение после известий о бомбёжке Хиросимы, суперсекретный японский линкор «Ра» столкнулся со своим американским собратом, и в результате непродолжительного боя оба канули в лету. Через 50 лет потомки офицеров «Ра» в числе спецподразделения ООН отправляются в Антарктиду, чтобы изучить необычный феномен, и обнаруживают там таинственную чёрную колонну, которая уничтожает почти всю команду. Но это оказывается только началом битвы, в которой всё человечество может быть уничтожено за считанные секунды.