Очередная серия о необыкновенном интеллекте детектива-старшеклассника Кудо Шиничи, используя который он раскрыл множество преступлений. В Токио строится два небоскрёба, Конан вместе с друзьями отправляется на экскурсию по новым зданиям. Спустя несколько дней архитектор башен найден убитым в своей квартире. Подозреваемым оказывается давний противник Конана – главарь Чёрной Организации.

Вооруженный бейсбольной битой ученик начальной школы совершает серию нападений на людей. По его следам идут двое детективов, которые вскоре понимают: это дело не похоже ни на какое другое из числа тех, что встречались им раньше…

На Земле остаётся только два государства, которые находятся на грани войны. Но когда на планету вторгаются пришельцы – безжалостные роботы, уничтожающие всё на своём пути, – им приходится объединиться. Чтобы победить незваных гостей, которых не берёт ничего, лучшие учёные Земли создают чудо-оружие. Этим новейшим изобретением могут управлять только молодые девушки, обладающие магией. Эти хрупкие девушки – последняя надежда человечества.