Девочка по имени Сита обладает волшебным кристаллом — Летающим Камнем, благодаря которому можно парить в воздухе. Кристалл является ключом к легендарному летающему острову Лапута. За ним охотятся как пираты, так и агенты правительства: одни хотят найти несметные сокровища острова, другие — скрытое там оружие массового поражения. Пытаясь скрыться от преследователей, Сита падает с неба и её спасает Пазу — подмастерье шахтёра из горного городка. Вместе дети отправляются в опасное путешествие, чтобы найти Лапуту и не допустить, чтобы кристалл попал в злые руки.

2032-ой год. Техника достигает колоссально прогресса. Люди живут под одним небом вместе с киборгами и роботами. Бато — детектив из отдела полиции по борьбе с терроризмом. У него искусственное тело, а от человека остался только мозг и воспоминания о Мотоко Кусанаги.

Во время Гражданской войны Химура Кеншин, добровольно поступив на службу, стал тайным палачом, убивая самых влиятельных лидеров оппозиции. Но время битвы окончилось, и он, решив, что больше не возьмёт в руки катану отправляется путешествовать по стране, чтобы помогать слабым и беззащитным, так как их по-прежнему притесняют. В Токио Кеншин помогает девушке Каору, которая преподаёт кендо, спасти своё додзё от бандитов. Раскрыв преступникам свою настоящую личность, он заставляет удариться их главаря в бега. Решив, что на этом его дело закончено, герой решает продолжить свой путь, но Каору предлагает ему остаться и помочь восстановить разрушенное после битвы додзё. Но недолго Кеншин наслаждается спокойной жизнью, ведь прошлое следует за ним по пятам…