2032-ой год. Техника достигает колоссально прогресса. Люди живут под одним небом вместе с киборгами и роботами. Бато — детектив из отдела полиции по борьбе с терроризмом. У него искусственное тело, а от человека остался только мозг и воспоминания о Мотоко Кусанаги.

Когда встречаются два вспыльчивых человека, да ещё к тому же мастерски владеющие мечом, битвы не избежать. Вот и встреча Мугэна и Дзина не стала исключением. В ходе их сражения они спалили таверну и убили сына местного префекта, за что и попали в тюрьму. Неизвестно чем всё закончилось бы, если юная девушка по имени Фуу, которая была свидетелем их битвы, не решила их спасти. Взамен она просит помочь ей отыскать таинственного самурая, «пахнущего подсолнухами».