Сюжет вращается вокруг молодого пилота Хикару Ичидзё, его возлюбленной из Макросс-сериала Мисы Хаясе и начинающей певицы Линн Минмэй. Эта история происходит на фоне беспощадной войны между людьми и Зентради (великанами-мужчинами), обладающими космическим флотом из миллионов кораблей. Зентради и Мельтанди (великаны-женщины) живут отдельно друг от друга и являются врагами друг другу. В ходе войны уничтожается практически всё живое на планете Земля со всеми её жителями. В живых остаются исключительно экипаж Макросса и его жители. Во время этой войны Миса Хаясе и Хаикару Ичидзё оказываются на выжженой войной Земле, где находят город-крепость «Протокультуры» и подают сигнал Макроссу.

Действие анимационного фильма происходит в 1629 году. Жестокий Таданага Токугава, охотник до кровавых зрелищ, устраивает турнир, в котором разрешается использовать любое оружие. Это испытание приводит к смерти многих искусных воинов. Но самое зрелищное впереди: на арену выходят однорукий Генносукэ Фудзики и его давний соперник слепой Ирако Сэйген.

Лэйн Ивакура — простая 14-летняя девочка, тихая и застенчивая, которая старается держаться подальше от современных гаджетов. Но однажды школьница по имен Тиса, которая пару раз возвращалась с героиней домой, внезапно кончает жизнь самоубийством. От одноклассниц Лэйн узнаёт, что погибшая оправила каждому из них на электронную почту предсмертное письмо, и она решает убедиться, что она оказалась в числе адресатов, в кои-то веки воспользовавшись компьютером, который всё это время стоял у неё без дела.