События происходят через много лет после событий, описанных в первом фильме. Журналист Стенли Маус хочет найти известное по легендам древнее племя котов, затерянное в Африке. Он находит их, и мышиная цивилизация оказывается под угрозой. Специальный агент Ник Грабовский снова должен будет спасти мир…

Мышонок Миши, артист цирковой труппы, решил, что его талант не востребован, перепилил решетку клетки и оказался в волшебном лесу…