Девочка Тихиро и её семья по пути к новому загородному дому попадают в дорожное происшествие. Выйдя из машины, они обнаруживают неподалёку ресторан с соблазнительными яствами, но подозрительно то, что в нём нет обслуживающего персонала. Все принимаются за трапезу, кроме девочки, которая чувствует опасность. Подозрения Тихиро оказываются правдой: её родители превращаются в свиней, и она узнаёт, что это место кишит призраками.

Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сооскэ, и они привязываются друг к другу. Теперь у Поньо только одно желание — стать человеком!

Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники 9-го отдела начинают охоту на танк, который самовольно покинул военный полигон, а также проводят расследование серию загадочных самоубийств андроидов старых моделей. После смерти друга Тогусы агенты нападают на след таинственного хакера, известного под именем Смеющийся Человек.

Главный герой по прозвищу JD зарабатывает себе на жизнь, принимая участие в подпольном боксёрском клубе. Но его мечта — участие в самом широкомасштабном турнире «Мегалония», где соберутся все самые талантливые боксёры, чтобы сразиться за титул «сильнейшего». И судьба, которая сжалилась над молодым мечтателем, предоставляет герою такой шанс.