Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Гарри Таскер живёт двойной жизнью. С одной стороны, он - любящий муж и отец, работающих днём и ночью в компьютерной компании. С другой, он - тайный агент правительства, занимающийся исключительно опасными заданиями. Однако ему приходится раскрыть свою тайну, когда арабские террористы похищают его вместе с женой. Тогда жена узнаёт, что 15 лет жила с человеком, которого совершенно не знала.