Поражение Хана и создание планеты Генезис стали очередным триумфом капитана Джеймса Т. Керка; но для него эти победы больше не имеют значения. Керк потерял одного из своих лучших друзей, Спока, который погиб, спасая «Энтерпрайз», и эта потеря невосполнима.Одновременно с этим Керк близок к тому, чтобы потерять еще одного своего лучшего друга, Мак-Коя, который потерял рассудок. Неожиданный визит Зарека, отца Спока, проясняет ситуацию и дает Керку надежду — Спок жив, и его разум в данный момент помещен в тело Мак-Коя. Чтобы помочь друзьям, Керк угоняет свой корабль, к тому времени уже предназначенный на слом, и нарушает установленный Федерацией карантин на планете Генезис, на которой работает научная экспедиция во главе с его сыном Дэвидом.Но в это же время о существовании Генезиса узнают Клингоны, и их боевой корабль под управлением командира Крюге спешно направляется к планете Генезис. Их встреча неизбежна…

Возвращаясь домой с Вулкана на экспроприированном клингонском космическом корабле, Керк и его команда заранее готовятся к худшему. Хотя долг чести выполнен, и Спок снова с нами живой и здоровый, у команды нет более причин радоваться, особенно когда они начинают вспоминать о попутно содеянных проступках.Неподчинение приказу, угнанный, а затем и самоликвидированный «Энтерпрайз», саботированный «Эксцельсиор» — все это заставляет их строить отнюдь не радужные предположения относительно того, чем их встретит Земля. Но реальность оказывается куда мрачнее — к Земле приблизился огромный космический корабль неизвестной конструкции, транслирующий на планету запросы на языке китов, к 23-му веку окончательно вымерших. Странный корабль имеет свойство воздействовать на погоду, которая устраивает на Земле сплошные ливни, грозы, ураганы и смерчи. Анализ ситуации позволяет предположить, что если благодаря какому-то чуду на Земле снова появятся киты, то это стабилизирует ситуацию и разрешит надвигающийся конфликт.И как вы думаете, кто способен сотворить чудо? Естественно, капитан Керк и его команда! Они готовы отправиться в прошлое для того, чтобы найти китов и доставить их в будущее ради спасения всей планеты. Их путешествие начинается…