Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сооскэ, и они привязываются друг к другу. Теперь у Поньо только одно желание — стать человеком!

Действие картины начинается в конце Второй мировой войны. Преподаватель военной академии Учидо уходит в отставку и живет с женой в скромном домишке какого-то разрушенного имения, где его постоянно навещают преданные ученики, помогают ему, справляют каждый год день его рождения, организуют поиски пропавшей кошки, пропажа которой является самым волнующим событием за те 15 лет, которые вмещает действие фильма.