Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

В центре сюжета история о трех братьях, каждый из которых пытается найти девушку. Чтобы достичь этой цели, они идут различными путями — старший брат учится играть на гитаре, средний выступает в театре, а младший рисует аниме.

У семьи Харуно проблемы. Мать снова решила вернуться к своей манге, отца вечно нет дома, а дедушка буквально сходит с ума. У дяди нет цели, он решил зайти домой передохнуть, брат не может поговорить с девушкой, которая ему нравится, а маленькая сестренка хочет сделать обратный переворт на брусьях. Все это складывается в спокойный и забавный взгляд на препятствия, с коротыми люди сталкиваются и которые преодолевают ежедневно.