Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом — молодым человеком, очень похожим на его младшего брата, — надеясь, что таким образом отыщет способ вернуться домой. До сих пор его труды оказывались тщетны, но когда он узнал, что Общество Туле — оккультистская группа, близко связанная с нацистской партией, — обнаружила ключ к местонахождению легендарной, мистической страны Шамбалы, надежды Эдварда вспыхнули с новой силой. Тем временем в своём родном мире Альфонс Элрик все глубже погружается в тайны алхимии, ища способ воссоединиться со своим старшим братом.

У молодого Юдзи Кайдо врачи обнаруживают неизвестную и пока неизлечимую болезнь. Чтобы иметь шанс выздороветь, он соглашается на криогенную заморозку, в надежде, что в будущем ему смогут помочь. Очнувшись через 20 лишним лет, Юдзи обнаруживает, что Землю атаковали инопланетяне и по всей планете прошли ожесточённые бои. Выясняется, что именно тот, в прошлом неизлечимый вирус, носителем которого является наш герой — самое действенное оружие против агрессивных инопланетных захватчиков.

Госпожа Юко получает письмо от таинственного отправителя. В числе других фанатичных коллекционеров она приглашена на аукцион, который будет проходить в старинном особняке. Как и остальные, она принимает приглашение, надеясь украсить коллекцию редким экземпляром. Но в течение ночи происходят странные события, коллекционеры исчезают один за другим. Что это за аукцион? Кто является хозяином особняка? Добраться до сути могут только ведьма Юко и её помощник Ватануки.

Будущее, год 20XX. Токио все больше погружается в хаос преступности и жестокости. Чтобы хоть как-то сохранить порядок, правительство разрешает обычным гражданам носить оружие. Но даже специально созданное полицейское спецподразделение РАПТ не в силах защитить людей, живущих в постоянном страхе. Кто может спасти раздираемый насилием, обреченный город? Только ангелы.И тут они являются — Ангелы смерти, четыре юных и прекрасных девушки: Джо, Мег, Сей, Эмми. Они — единственная надежда, которая есть у жителей города…