Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

Сюжет повествует о девушке, которая попала в параллельный мир, похожий на феодальный Китай, чтобы стать правительницей одного из Двенадцати Королевств.

У Кейтаро Урашимы в детстве была подруга, которая рассказала ему, что если двое любящих друг друга поступят вместе в Токийский университет, то они всегда будут вместе. Но семья его подруги переехала, и дети потеряли связь друг с другом. Проходит 15 лет, Кейтаро уже не помнит ту девочку, с которой они вместе проводили дни и поклялись друг другу, что обязательно поступят вместе в университет. Но герой всё ещё не теряет надежды её найти и прилагает все усилия, чтобы поступить в вуз.