Музей Естественной истории живёт своей обычной жизнью. Днём здесь гуляют посетители, а ночью миниатюрные ковбои вновь вступают в битву с римлянами, Теодор Рузвельт едет на свидание с прекрасной индианкой, а гигантский скелет динозавра носится по коридорам. Однако вскоре в музей привезут новых постояльцев, которые изменят привычный уклад жизни всех, в том числе и охранника Ларри.

Охотник за сокровищами Бенджамин Франклин Гейтс задаётся целью узнать правду об убийстве Авраама Линкольна. Для этого ему нужно раскрыть тайну восемнадцати отсутствующих страниц дневника Джона Уилкса Бута...