Каждому городу нужны герои. Шредер и его приспешники Клан Футов держат жителей Нью-Йорка в страхе и контролируют всех - от полиции до политиков. Будущее кажется удручающим пока на защиту города не встают четыре брата, поднявшиеся на нью-йоркские улицы из канализации. Теперь их судьба - быть Черепашками-ниндзя. Они вынуждены работать с бесстрашной журналисткой Эйприл и её мудрым оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город разгадать дьявольский план Шредера.

В Нью-Йорке начинают происходить странные события. Древние существа пытаются захватить власть над миром, а черепашки-ниндзя должны объединиться, чтобы противостоять злодеям...