В основе фильма лежит старая басня про цыпленка, который вопил о том, что небеса падают на землю каждый раз, когда ему на голову падал желудь. Вот уже год, как Цыпленок пытается преодолеть позор своей ошибки (про падающие небеса) и жить как ни в чем не бывало.Но — увы! — желающих дружить с неудачником немного, и поэтому в товарищах у него ходят такие же изгои, как и он сам. Но однажды действительно случается несчастье — пора бить тревогу! Но кто поверит Цыпленку, ведь он уже опростоволосился однажды…Теперь будущее планеты зависит от скромных бойцов невидимого фронта: свиненка-акселерата, убогонькой уточки, золотой рыбки-мутанта и Цыпленка, с которым никто не хочет знаться…

Спустя почти 60 лет аниматоры корпорации «Дисней» вынесли на суд зрителей продолжение гениального фильма, создав рисованные этюды на музыку Бетховена, Респиги, Гершвина, Шостаковича, Сен-Санса, Элгара и Стравинского. Также в «Фантазию 2000» вошел классический эпизод из первой «Фантазии» — «Ученик колдуна».