В 21-ом веке свирепый вирус уничтожил большую часть человечества, а оставшихся в живых заставил изолироваться в одном-единственном городе, защищенном специальным куполом.Именно там действует таинственный агент Эон Флакс, мотивы которой необъяснимы, а главной целью является видный политический деятель…

Германия 1982 года. Страна разделена на две части. Путешествуя по Восточной Германии, Нили, молодая гражданка ФРГ, встречает солиста молодёжной группы по прозвищу Капитан. Они влюбляются, но режим «позаботился» об их отношениях, парень и девушка не могут увидеться снова. В 1990 году Германия воссоединилась, и Нили начинает поиск своей потерянной любви.