2131 год. Неядерная война, почти уничтожившая человечество, закончена. Победивших нет. Солдат спецназа Дюнан Нат выжила и при неясных обстоятельствах попадает в город Олимп, ставший центром Земли. Ее бывший возлюбленный Бриареос, приведший Дюнан в Олимп, потерял тело в сражениях за Северную Африку и стал киборгом.Половина населения Олимпа — клоны специально отобранных человеческих особей, кибернетически модифицированных и улучшенных, — биороиды. Их природа такова, что исключает социальные конфликты и нестабильность. Город и его население контролируется правящей верхушкой и Гейа — кибернетическим мозгом. Кто такие биороиды, неужели Олимп — та самая утопия, о которой мечтало раздираемое конфликтами человечество? Или же именно в Гейа нужно искать причины коллапса человечества?

По пути в школу старшеклассница Нана становится свидетелем несчастного случая в метро. Но это только начало кошмара. Однажды пропадает сестра Наны — Норико. Единственная зацепка — Норико забрал призрак, живущий на станции. О нем Нане рассказала таинственная женщина. Вскоре выясняется, что это не единственный случай исчезновения людей в метро. Вожатый скоростного поезда каждый раз, прибывая на одну и ту же станцию, находит на рельсах мертвое тело пропавшего недавно пассажира.

Согласно альтернативному варианту развития истории, после поражения во второй мировой войне Япония оказалась разделённой между союзниками — северный остров Хоккайдо аннексировал Советский Союз, а Хонсю и другими южными островами овладели американцы.Советы начали сооружать в своей зоне оккупации загадочное сооружение — башню столь исполинских размеров, что трое товарищей-старшеклассников с американского Хонсю, гуляющих вместе в пору школьных каникул, могли отчётливо видеть её контуры, возносящиеся в заоблочную высь. Друзья дали друг другу зарок, что однажды они построят аэроплан и раскроют секрет гигантской башни…

Фильм рассказывает о девушке по имени Асуна, коротающей дни за прослушиванием таинственной музыки, исходящей из кристалла, доставшегося ей в память об отце. Девушка решает отправиться в путешествие, чтобы встретить друга, которого она давно не видела.

Япония, середина XIX века. Отец Тидзуру Юкимуры, талантливый врач и целитель, отправляется в Киото. Спустя некоторое время его дочь начинает серьёзно волноваться, потому что отец обещал отправить весточку, что с ним всё в порядке, но новостей всё нет и нет. Героиня, переодевшись мужчиной и вооружившись семейным мечом, отправляется на его поиски. По дороге на Тидзуру нападают бандиты, но проходившие мимо люди из отряда Шинсенгуми спасают девушку и доставляют в свой штаб. Когда они узнают, что героиня ищет своего пропавшего отца, они неожиданно заявляют, что тоже ведут поиски господина Юкимуры.