Далеко в необъятных и непредсказуемых прериях Австралии мальчик по имени Коди подружился с великим золотым орлом. Когда безжалостный браконьер решает поймать орла, Коди вступает на защиту друга. Зная, что ему не справиться в одиночку, он подает зов помощи, на который сразу реагируют две самые храбрые мышки Бернард и Бьянка. Спеша на помощь на крыльях своего веселого друга, альбатроса Вилбура, эти два суперагента готовы выполнить свою самую большую и самую опасную миссию!

Спустя почти 60 лет аниматоры корпорации «Дисней» вынесли на суд зрителей продолжение гениального фильма, создав рисованные этюды на музыку Бетховена, Респиги, Гершвина, Шостаковича, Сен-Санса, Элгара и Стравинского. Также в «Фантазию 2000» вошел классический эпизод из первой «Фантазии» — «Ученик колдуна».