Люди в чёрном работают на неофициальное правительственное агентство, регулирующее деятельность инопланетян на Земле. Они - самый большой секрет правительства и лучшая защита людей от отбросов Вселенной. Они появляются незаметно и не оставляют следов.

Джон Крюгер занимается тем, что уничтожает следы существования определённых людей в прошлом и настоящем. Эти особенные люди входят в программу защиты свидетелей. Обычно всё шло достаточно гладко, но тут появляется женщина, которая может привести полицию к преступникам, покупающим новое супероружие. Чтобы защитить её, Джону придётся использовать весь свой опыт стирателя.

Доктор Лоуренс Майрик всеми уважаемый врач, и у него работает подающий большие надежды молодой врач Гай Лютан. Однажды Гай случайно узнаёт об ужасных экспериментах своего наставника и докладывает об этом. Естественно он теряет работу, однако продолжает бороться с Майриком.