Продолжение истории мастеров боевых искусств, защищающих Земное Царство от вторжения из других миров под предводительством могущественного Шао Кана. Защитники Земли, включая Коула Янга, Соню Блейд и других героев первой части, объединяются для участия в легендарном турнире «Смертельная битва». Если Земное Царство проиграет 10-й турнир подряд, император Внешнего мира Шао Кан получит право на полномасштабное вторжение и завоевание планеты.

В 1950-х Хеллбой и новобранец BPRD отправляются в Аппалачи, где находят отрезанную от мира деревню, управляемую загадочными ведьмами и их жутким лидером.