Шики Тоно в детстве получил почти смертельную травму, после чего у него начались проблемы со здоровьем, а его глаза начали видеть то, что в принципе видеть не положено нормальному человеку. Так как старшеклассник происходит из одной из самых влиятельных и богатых семей, его отец, не желая иметь с сыном проблем, отсылает его к дяде с тётей. После смерти главы семьи младшая сестра Шики, Акиха, которая теперь стала главой клана Тоно, зовёт своего брата в родное поместье. Герой рассчитывает на то, что его ждёт спокойная жизнь, но он глубоко ошибается.

Действие анимационного фильма происходит в феодальной Японии. Главный герой, странствующий Аптекарь, не только занимается торговлей лекарств, но и сражается с мононокэ, неупокоенными разгневанными духами. Чтобы использовать свой магический меч и победить духа, он должен выяснить всё о своём враге: его форму, сущность и желание.