Сбежав от опасных монстров, возглавляемых Годзиллой, на другую планету, люди обнаруживают, что их новый дом не пригоден для жизни. Появляется группа, которая хочет вернуться на Землю, чтобы дать бой чудовищам, и они решают повернуть назад. Однако из-за ошибки в системе навигации корабль выходит из гиперпространства около родной планеты спустя 20 000 лет после побега. На Земле полностью уничтожены следы пребывания человечества, а во главе пищевой цепочки находится Годзилла.

В далёком будущем человечество теряет контроль над роботами, и те принимаются за их истребление. Горстка людей умудряется выжить, укрывшись в поселении, в которое роботам не попасть. Однако ради провианта людям время от времени приходится покидать своё убежище. В одной из таких вылазок они встречают Келли, который ищет способ вернуть человечеству контроль над машинами.

Фильм сделан в лучших традициях аниме и фантастики. Противостоянии двух цивилизаций человечества и планеты, которая после поражения самого большого Годзиллы, создаёт и посылает на бой нового монстра - Кинга Гидору.