2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Действе фильма происходит в 2071 году. В ходе террористический бомбардировки был высвобожден смертельный вирус, который погубил многих. Правительство назначило неимоверное вознаграждение тому, кто сможет поймать виновника. Команда охотников за головами космического корабля «Бибоп» берутся за это расследование, в надежде найти преступника и отдать его в руки правосудия. Но не только они ведут эту охоту.

Анимационная картина рассказывает о двух сёстрах Идзуми и Мицуки Саватари, которые устраиваются на работу в качестве горничных к 14-летнему Ёситаке Накабаяси. Но молодой хозяин оказывается с причудами, и это слегка озадачивает девочек.

Приключения неуловимого вора Люпена продолжаются. На этот раз он собирается обокрасть религиозных фанатиков, которые владеют несметными сокровищами. Эту же цель преследует прелестная девушка-воровка Фудзико Минэ, которая решает соблазнить лидера секты и обманом похитить всё богатство. Смогут ли герои работать вместе, а после честно поделить награбленное, при этом не обманув друг друга?